Fibromialgia jest zespołem chorobowym, który prawdopodobnie ma złożone oraz różnorodne i często zmienne przyczyny. Ogólne rokowanie jest coraz bardziej korzystne. Skojarzone wysiłki poszczególnych osób, grup wsparcia, organizacji oraz personelu medycznego przynoszą efekty. Trzeba jednak pamiętać, że intensywność objawów fibromialgii może się nasilać lub zmniejszać, jednak większość chorych ma z czasem tendencję do poprawy. Nadzieję również budzi coraz lepsze poznanie mechanizmów leżących u podłoża fibromialgii i opracowanie nowych, skutecznych leków.

Jedne badania wykazują, że objawy fibromialgii mogą pozostawać niezmienione przez dłuższy okres czasu, podczas, gdy inne badania wykazują złagodzenie przebiegu choroby u 25 - 35% chorych. Badania sugerują, że regularne ćwiczenia, uczestnictwo w zespołach wsparcia, wpływają korzystnie na przebieg choroby. Osoby, które miały istotny kryzys życiowy lub te, u których doszło do niesprawności, mają gorsze rokowanie co do przebiegu choroby. Trzeba podkreślić, że mimo, iż fibromialgia może trwać do końca życia, jej przebieg nie ulega istotnemu pogorszeniu, ani nie stanowi zagrożenia dla życia.

Przebieg fibromialgii charakteryzuje się zmiennością z tendencją do łagodzenia lub nasilenia objawów. Przy właściwym leczeniu okresy łagodzenia objawów lub okresy bezobjawowe stają się coraz dłuższe zaś okresy pogorszenia krótsze. Ponieważ przyczyna choroby jest nieznana leczenie przyczynowe nie jest możliwe.